El subtipo molecular es crítico para un tratamiento y seguimiento precisos en pacientes con cáncer de pulmón; sin embargo, la información sobre los genes asociados a subtipos está dispersa entre miles de estudios publicados. La curaduría sistemática y la validación cruzada de la literatura científica proporcionarían una base sólida para estudios genéticos comparativos de los principales subtipos moleculares de cáncer de pulmón. Aquí, construimos una base de datos de genes de cáncer de pulmón basada en la literatura (LCGene). En la versión actual, recopilamos y curamos 2507 genes humanos únicos, incluidos 2267 genes que codifican proteínas y 240 genes no codificantes a partir de un examen manual exhaustivo de 10,960 resúmenes de artículos de PubMed. Se añadieron extensas anotaciones para ayudar a la identificación de genes expresados diferencialmente, sitios potenciales de edición genética y regulación de genes no codificantes. Por ejemplo, preparamos 607 genes curados con información de knockout de CRISPR en 43 líneas celulares de cáncer de pulmón. Una comparación adicional de estos genes implicados entre diferentes subtipos identificó varios genes específicos de subtipos con altas frecuencias de mutación. Los supresores tumorales y oncogenes comunes compartidos por el adenocarcinoma de pulmón y el carcinoma de células escamosas de pulmón, por ejemplo, exhibieron diferentes frecuencias de mutación y características pronósticas, sugiriendo la presencia de biomarcadores específicos de subtipos. Nuestro análisis retrospectivo reveló 43 genes específicos del cáncer de pulmón de células pequeñas. Además, 52 supresores tumorales y oncogenes compartidos por el adenocarcinoma de pulmón y el carcinoma de células escamosas confirmaron los diferentes mecanismos moleculares de estos dos subtipos de cáncer. Las diferencias genéticas basadas en subtipos, cuando se combinan, pueden proporcionar información sobre biomarcadores específicos de subtipos para pruebas genéticas.