Los nematodos quísticos son plagas persistentes del suelo que impactan severamente la productividad de los cultivos en todo el mundo. Sus quistes protectores permiten la supervivencia a largo plazo y albergan diversas comunidades fúngicas que permanecen en gran medida inexploradas como fuentes potenciales de agentes de control biológico. En este estudio, aislamos hongos cultivables de quistes de , , y , así como de suelos recolectados en campos de papa suizos entre 2018 y 2024. La secuenciación identificó 78 unidades taxonómicas operacionales fúngicas (OTUs), que pertenecen predominantemente a Ascomycota (73%), principalmente Sordariomycetes (59%) y Eurotiomycetes (8%), con representantes adicionales de Mortierellomycota y Basidiomycota. fue el género más abundante, seguido de , , y , mientras que el 28% de los aislados permanecieron sin clasificar, lo que indica taxones potencialmente nuevos. Hongos seleccionados, incluyendo CH-02, CH-04 y CH-15, y CH-51, redujeron significativamente la motilidad, la infección y la formación de agallas en raíces in vitro y en planta. Notablemente, CH-02 redujo la formación de agallas en raíces en un 63%, destacando su fuerte actividad mecánica y antagonista. Estos resultados demuestran que los nematodos quísticos albergan una comunidad fúngica rica y funcionalmente diversa con un potencial de biocontrol sustancial, proporcionando una base para desarrollar alternativas sostenibles y respetuosas con el medio ambiente a los nematicidas químicos en la protección de cultivos.