Investigamos el efecto de la variación interanual del régimen hidrosedimentológico y la conectividad sobre la biodiversidad del zooplancton en la llanura aluvial del Alto Paraná. Se realizaron muestreos de zooplancton entre 2000 y 2007 en diferentes ambientes de la llanura, incluyendo lagos, remansos, ríos y canales conectados y aislados. El zooplancton incluyó 541 especies. Los rotíferos mostraron la mayor riqueza y abundancia de especies. Entre las especies de zooplancton, 71 representan nuevos registros de ocurrencia para la llanura aluvial. La curva de acumulación de especies mostró un aumento continuo en la diversidad gamma, lo que demuestra la importancia de la investigación a largo plazo para un conocimiento preciso de la biodiversidad en ecosistemas heterogéneos y dinámicos, como las llanuras aluviales. La diversidad beta interanual entre los años estudiados indicó una menor alteración en la composición de la comunidad en 2001, cuando se observó un largo período de limnofase. En la mayoría de los ambientes, los valores más altos de riqueza de especies se relacionaron con las mayores amplitudes de inundación. La amplitud de las inundaciones, asociada a la conectividad, favorece el intercambio faunístico entre los ambientes y entre las zonas pelágicas y litorales. Esto explica la presencia de especies planctónicas y no planctónicas dentro de la comunidad. Por otro lado, los valores medios de abundancia de zooplancton fueron mayores durante un período de aislamiento prolongado. Las diferencias entre la amplitud de la potamofase y la limnofase asociadas a la conectividad entre los ambientes fueron los factores más importantes para la estructura y la dinámica de la comunidad zooplanctónica en la llanura de inundación del Alto Paraná.