Los microARNs (miARNs) desempeñan un papel crítico en la regulación génica en las plantas. Se han identificado varios miembros de la familia de repeticiones de pentatricopeptidos (PPR) como objetivos predichos de Ahyp-miR0005, un miARN específico de la amaranto. Las proteínas PPR son esenciales para la biogénesis mitocondrial y de cloroplastos, así como para la comunicación de plastidios a núcleo, procesos fundamentales para la señalización retrógrada entre el plastidio y el núcleo (RSBPN). En este estudio, identificamos el objetivo de Ahyp-miR0005 y su asociación con la familia de proteínas PPR. Se predijo la inhibición de la escisión por Ahyp-miR0005, y se analizó la distribución de los sitios de unión de miARN por gen objetivo, incluyendo su localización dentro de los dominios PPR codificantes. Entre los principales genes objetivo de Ahyp-miR0005, identificamos . El análisis de la red de interacción reveló que diferentes genes objetivo se coexpresan en respuesta al mismo estímulo. El perfil de expresión génica con el Navegador eFP de Arabidopsis reveló cambios transcripcionales sustanciales en los objetivos predichos bajo seis condiciones de estrés abiótico. Además, mostramos que los estreses abióticos alteran la expresión de los genes objetivo de Ahyp-miR0005 en amaranto. Anticipamos que la expresión de Ahyp-miR0005 en plantas no amaranto podría replicar la reorganización y coordinación de la expresión génica a través de RSBPN, mejorando así la tolerancia de las plantas a varios estreses abióticos.