Los flavonoides han alcanzado gran importancia en las industrias farmacéutica, alimentaria y cosmética. Además, la modificación de estos flavonoides naturales en compuestos estructuralmente diversos mediante la biotransformación de células enteras con actividades biológicas mejoradas tiene numerosas aplicaciones biotecnológicas. El presente estudio investigó el potencial de biotransformación de especies de Streptomyces aisladas de una muestra de suelo a gran altitud hacia moléculas flavonoides seleccionadas. Los metabolitos biotransformados se confirmaron mediante la comparación del cromatograma HPLC con compuestos auténticos y el análisis LC-MS/MS. De estos aislados, la especie G-18 de Streptomyces (número de acceso: MW663767.1) catalizó las moléculas de isoflavona daidzeína y genisteína para producir productos hidroxilados a las 24 h de condiciones de reacción en un sistema de células enteras. La hidroxilación de la daidzeína (4′,7-dihidroxiisoflavona) se confirmó en la posición 3′ del anillo B para producir 3′,4′,7-trihidroxiisoflavona. Además, Streptomyces especie G-14 (número de acceso: MW663770.1) y Streptomyces especie S4L (número de acceso: MW663769.1) también revelaron la transformación de daidzeína (4′,7-dihidroxiisoflavona) en hidroxi daidzeína en una posición distinta a la de los aislados G-18, mientras que la mezcla de reacción de Streptomyces especie S4L con naringenina como sustrato también reveló el producto hidroxilado. Nuestros resultados demostraron que los microorganismos aislados de diferentes nichos ecológicos tienen una amplia aplicación.