Las macrófitas acuáticas sumergidas desempeñan un papel clave en los ecosistemas de arroyos, pero su recuperación en arroyos flamencos históricamente degradados a menudo es limitada. Este estudio investiga si la contaminación del sedimento restringe la germinación natural de las macrófitas y el establecimiento temprano de plántulas. Para abordar esta laguna de conocimiento, combinamos un experimento controlado en mesocosmos con un análisis de datos de monitoreo a largo plazo de arroyos flamencos. Los mesocosmos mostraron que niveles más altos de contaminación del sedimento redujeron la emergencia de plántulas, lo que indica que la calidad del sedimento puede inhibir directamente la germinación y el establecimiento temprano. Además, los datos de monitoreo históricos revelaron solo una débil asociación entre la calidad del sedimento y la ocurrencia de macrófitas, lo que señala la importancia de los factores interactuantes como la hidrología, la disponibilidad de luz y la estructura del hábitat. En conjunto, estos hallazgos destacan la contaminación del sedimento como una barrera relevante pero dependiente del contexto para el reclutamiento de macrófitas, subrayando la necesidad de integrar la calidad del sedimento en una planificación de restauración más amplia para los arroyos en Flandes y en el extranjero.