La miel es rica en ingredientes efectivos que incluyen flavonoides, terpenos y alcaloides que son beneficiosos para la salud humana. En este estudio, se utilizó la metabolómica ampliamente dirigida para detectar los metabolitos secundarios de origen vegetal del mismo lote de miel de 2022 a 2024, con el fin de explorar si el tiempo de almacenamiento cambia la calidad de la miel, especialmente el contenido de metabolitos secundarios de origen vegetal con importantes beneficios para la salud. Los resultados mostraron que el tiempo de almacenamiento no tuvo un efecto significativo en el contenido de azúcares, proteínas y otros componentes principales en la miel. Al mismo tiempo, también encontramos que aunque el tiempo de almacenamiento tuvo un impacto en el contenido de algunos metabolitos secundarios como los flavonoides en la miel, los cambios en el contenido del ingrediente activo característico, la hiperósido, en la miel no fueron significativos. Estos hallazgos sugieren que el tiempo de almacenamiento tiene un impacto mínimo en la calidad de la miel. Este estudio proporciona una base teórica para el almacenamiento racional de la miel.