Las características reproductivas del yak han recibido una atención extensa, aunque el mecanismo de regulación molecular de su actividad ovárica aún debe ser explorado. Por lo tanto, este estudio realizó inicialmente un análisis comparativo de las actividades ováricas del yak en anestro, estro y embarazo en relación con su morfología e histología, seguido de la implementación de la tecnología de secuenciación de ARN (RNA-seq) para detectar la expresión génica general y el mecanismo biológico en diferentes etapas reproductivas. La tinción H&E mostró que había más folículos en crecimiento y folículos maduros en las secciones de tejido ovárico durante el estro que en los tejidos ováricos durante el no estro. El análisis de RNA-seq de los tejidos ováricos del yak en tres períodos mostró que se identificaron genes expresados diferencialmente (DEGs) relacionados con el desarrollo folicular y el metabolismo hormonal en los tres grupos de comparación. El análisis bioinformático mostró que estos DEGs están involucrados en la unión de iones, el desarrollo celular, los procesos metabólicos, enriquecidos en interacciones entre receptores de ECM, biosíntesis de esteroides, junto con la generación/descarga de aldosterona y las vías de señalización Wnt/PI3K-Akt. Además, especulamos que los eventos de desarrollo de empalme alternativo tienen un papel importante en la regulación de los perfiles de expresión génica funcional ovárica. Estos resultados proporcionan conocimientos esenciales destinados a examinar biomarcadores clave para la actividad ovárica del yak, además de allanar el camino para aumentar el enfoque de los investigadores en mejorar el rendimiento reproductivo del yak.