Este estudio analiza los datos de desembarcos de 1980 a 2020 de tres lagunas costeras mediterráneas: las lagunas Logarou y Rodia-Tsoukalio (noroeste de Grecia) y la laguna Mar Menor (sureste de España) para evaluar los cambios en los ecosistemas y la dinámica de la presión pesquera. Los hallazgos clasifican estos sistemas como de bajo rendimiento, con la productividad clasificada de la siguiente manera: Rendimiento Logarou > Rendimiento Rodia-Tsoukalio = Rendimiento Mar Menor. El análisis del nivel trófico medio (mTrL) reveló diferencias significativas impulsadas por la contribución de especies detritívoras y carnívoras de nivel medio (TrL Mar Menor > TrL Rodia-Tsoukalio > TrL Logarou). Los índices de presión pesquera sugieren una reducción de la intensidad pesquera en las lagunas griegas, mientras que en Mar Menor, una tendencia estable de Pesquerías en Equilibrio (FiB) correspondió con rendimientos estables a pesar de la eutrofización. El análisis de conglomerados (CA) y el análisis de componentes principales (PCA) vincularon las diferencias en los ecosistemas con las características del sedimento y los cambios en la estructura del hábitat. Estos resultados subrayan una transición de las lagunas costeras mediterráneas hacia nuevos estados ecológicos, destacando la urgente necesidad de conservación del hábitat y estrategias de gestión adaptativa para garantizar pesquerías sostenibles bajo presiones ambientales crecientes. Estos hallazgos pueden extrapolarse a ecosistemas costeros transicionales similares que enfrentan estresores antropogénicos comparables en todo el mundo, proporcionando un marco más amplio para comprender y gestionar los sistemas de lagunas bajo condiciones ambientales cambiantes.