Las islas CpG suelen estar situadas en el extremo 5′ de los genes y se consideran marcadores génicos porque desempeñan un papel importante en la regulación génica a través de cambios epigenéticos. En este estudio, comparamos las características de las islas CpG identificadas por varios algoritmos principales estableciendo los valores de corte de los parámetros para obtener un número similar de islas CpG en un genoma. Este enfoque nos permite comparar sistemáticamente los patrones de metilación y expresión génica en las islas CpG identificadas. Descubrimos que el algoritmo de Takai y Jones tiende a identificar islas CpG más largas pero con características de isla CpG más débiles (por ejemplo, menor contenido de GC y menor proporción de los CpG observados sobre los esperados) y mayor nivel de metilación. Por el contrario, los grupos de CpG identificados por el algoritmo de Hackenberg et al. utilizando criterios estrictos son más cortos y tienen características más fuertes y un nivel de metilación más bajo. Además, utilizamos el perfil de metilación con resolución de bases de todo el genoma en dos líneas celulares para demostrar que los genes con un menor nivel de metilación en las islas CpG asociadas al promotor tienden a expresarse en más tejidos y tienen una expresión más fuerte. Nuestros resultados validaron que la metilación del ADN de las islas CpG asociadas al promotor suprime la expresión génica a nivel genómico.