El mijo cola de zorro es una planta que es altamente resistente a la sequía y rica en nutrientes. Sus características de estructura de grano están relacionadas con la absorción de agua durante la germinación del grano, lo que está estrechamente relacionado con la densidad de la planta para un alto rendimiento en regiones de secano; sin embargo, no hay investigaciones relacionadas. Utilizando tecnología de Micro-CT, investigamos un total de 15 características de la estructura interna de los granos de mijo cola de zorro, como el volumen y el área superficial del embrión, el endospermo, la cavidad, la cáscara y el grano entero, y mapeamos loci de rasgos cuantitativos (QTLs) relevantes utilizando líneas de recombinación endogámicas (RILs). Con variaciones fenotípicas en estas características y secuencias genómicas de 100 RILs de mijo cola de zorro, se identificaron cuatro QTLs. En combinación con el perfilado del transcriptoma durante el desarrollo del grano, identificamos siete genes candidatos que pueden desempeñar un papel en la regulación de la estructura del grano en el mijo cola de zorro.