El germoplasma tropical ha acumulado un gran número de genes adaptados a una variedad de adversidades. En este estudio, evaluamos la diversidad genética y la estructura poblacional de 109 líneas de maíz inbred recién liberadas del Centro Internacional de Mejoramiento de Maíz y Trigo (CIMMYT) en los últimos años. Los resultados indicaron lo siguiente: (1) el análisis de desequilibrio de ligamiento (LD) mostró que los germoplasmas de maíz tropical tenían una tasa de decaimiento de LD más rápida, lo que sugiere tasas de recombinación y diversidad genética más altas; (2) tanto el árbol filogenético como el análisis de estructura apoyaron la clasificación del material en tres subgrupos; (3) los resultados del análisis de componentes principales fueron consistentes con el análisis de estructura poblacional, verificando aún más la fiabilidad de la delimitación de subgrupos; (4) las distancias genéticas entre los germoplasmas tropicales de los grupos 2 y 3 y las líneas inbred élite templadas eran relativamente cercanas, lo que es adecuado para la mejora de germoplasmas templados. Los resultados pueden ayudarnos a seleccionar germoplasmas tropicales adecuados y acelerar el proceso de desarrollo de líneas inbred y mejora del maíz.