El ciclo hidrológico del Pantanal tiene una importancia crucial en la cuenca del Alto Paraguay, que abarca dos áreas con condiciones considerablemente diversas en cuanto a recursos naturales e hídricos: la meseta y la llanura. Desde la perspectiva de la función ecosistémica, el flujo hidrológico en la relación entre la meseta y la llanura es importante para la creación de nichos reproductivos y alimentarios para la biodiversidad regional. En general, la pendiente de los ríos en la meseta es de 0,6 m/km, mientras que en la llanura varía de 0,1 a 0,3 m/km. El entorno de la llanura es típicamente estacional y alberga una exuberante y abundante diversidad de especies, incluyendo algunos animales en peligro de extinción. Cuando la llanura se encuentra con la llanura, el caudal disminuye en los cauces y, durante la temporada de lluvias, los ríos se desbordan, inundando las tierras bajas. La precipitación media anual en la cuenca es de 1396 mm, con un rango de 800 mm a 1600 mm, y las precipitaciones más intensas se registran en la región de la meseta. La baja capacidad de drenaje de los ríos y lagos que conforman el Pantanal, sumada al clima de la región, produce una evaporación muy alta: aproximadamente el 60 % del agua proveniente de la meseta se pierde por evaporación. La cuenca del Alto Paraguay, incluido el Pantanal, si bien cuenta con una abundante disponibilidad de recursos hídricos, también presenta zonas con escasez de agua en algunas subcuencas, en diferentes épocas del año. Las condiciones climáticas por sí solas no son suficientes para explicar las diferencias observadas en el régimen del río Paraguay y algunos de sus afluentes. La complejidad del régimen hidrológico del río Paraguay se debe a la baja pendiente de las tierras que componen la llanura y meseta del Mato Grosso (50 a 30 cm/km de este a oeste y de 3 a 1,5 cm/km de norte a sur), así como a la dimensión del área, que permanece periódicamente inundada con un gran volumen de agua.