Las actividades conocidas de las citoquininas (CKs) son promover la multiplicación de brotes, inhibir el crecimiento de raíces y retrasar la senescencia. La 6-benzilaminopurina (BAP) ha sido la CK más efectiva para inducir la proliferación de brotes en cereales y pastos. Anteriormente, informamos que en la micropropagación de hierba de limón, BAP 10 uM induce una alta proliferación de brotes, mientras que la CK natural 6-(,-dimetilalilamino)purina (2-iP) 10 uM muestra efectos menos pronunciados y desarrolla enraizamiento. Para entender los mecanismos moleculares involucrados, realizamos una red de interacción proteína-proteína (PPI) basada en los genes involucrados en la proliferación/reprensión de brotes, el ciclo celular, el mantenimiento de células madre, los factores de respuesta a auxinas y la señalización de CK para analizar los mecanismos moleculares en plantas tratadas con BAP frente a 2-iP. Se observó un patrón diferente de expresión génica entre plantas tratadas con BAP y 2-iP. En los brotes derivados de BAP, encontramos genes regulados al alza que ya se ha demostrado que están involucrados en el desarrollo de la proliferación de brotes de novo en varias especies de plantas; receptores de CK, mantenimiento de células madre y regulación del ciclo celular, así como el factor de respuesta a auxinas y el metabolismo de CK. En contraste, en el medio de cultivo de 2-iP, hubo una regulación al alza de genes involucrados en la represión de brotes, un regulador de respuesta tipo A y el metabolismo de auxinas.