La soja es rica en proteínas y aceite y es el cultivo de legumbres más importante a nivel mundial. El virus del mosaico de la soja (SMV) representa una grave amenaza para la producción de soja en todo el mundo. MutMap, una tecnología de mapeo genético basada en clonación por mapeo y resecuenciación del genoma completo, se utiliza para clonar genes reguladores clave para rasgos agronómicos en plantas. Sin embargo, no se han reportado estudios relevantes sobre la clonación de genes resistentes al SMV. Utilizamos una población mutante M3 derivada de la mutagénesis con metanosulfonato de etilo de Williams 82 y realizamos experimentos de inoculación en campo con la cepa SMV-SC3. Después de la validación en campo, se identificaron finalmente dos líneas con alta resistencia al SMV. Usando MutMap, inicialmente seleccionamos genes candidatos para la resistencia al SMV y encontramos que las transiciones de G a A de un gen candidato de resistencia estaban en las posiciones de base 122 y 166. Estas transiciones resultaron en la sustitución de glicina por ácido glutámico (GGAGAA) y valina por ácido aspártico (GTTGAT), respectivamente. La validación funcional transgénica en soja mostró que el alelo mutante de (designado) mejoró sustancialmente la resistencia al SMV-SC3, en contraste con el alelo tipo salvaje, que no mejoró la resistencia. Nuestros resultados demuestran que MutMap puede identificar rápidamente genes relacionados con la resistencia al SMV para proporcionar un recurso genético que acelere la cría de nueva soja resistente al SMV.