Las plantas hidroeléctricas tienen impactos significativos en la biodiversidad acuática, particularmente en las especies de peces migratorios. Gestionar eficazmente estos impactos requiere una comprensión integral de la reproducción y reclutamiento de peces dentro de sistemas fluviales alterados, lo que se puede evaluar a través de estudios de ictioplancton. Sin embargo, los métodos morfológicos tradicionales para identificar huevos y larvas de peces presentan considerables desafíos debido a la ambigüedad morfológica y las limitaciones del desarrollo. En este estudio, aplicamos la secuenciación de ADN para caracterizar la comunidad de ictioplancton dentro de un tramo lotic relicto aguas abajo de la represa de Capivara, ubicada en el río Paranapanema en el sur de Brasil. Las secuencias del gen de citocromo oxidasa I (COI) de 79 muestras se compararon con las bases de datos del Sistema de Datos del Código de Barras de la Vida (BOLD) y GenBank, resultando en una identificación exitosa a nivel de especie para todas las muestras, cada una exhibiendo alrededor del 99.8% de similitud. Los especímenes identificados comprendieron ocho especies, seis géneros, cuatro familias y dos órdenes. Las especies del orden Siluriformes representaron el 60.5% de la abundancia total, incluyendo predominantemente especies migratorias como , , , y , siendo esta última una especie rara vez observada en la cuenca. Estos hallazgos destacan la importancia de los tramos loticos como áreas de reproducción y enfatizan la necesidad de su conservación. La secuenciación de ADN demostró ser un método eficiente para la identificación de especies, proporcionando datos esenciales para evaluaciones ambientales y estrategias de conservación dirigidas a las poblaciones de peces locales.