La actividad biológica del suelo y la diversidad de macroinvertebrados son indicadores clave de la función del ecosistema en paisajes tropicales. Este estudio evalúa los efectos de diferentes sistemas de uso de la tierra -agroforestería de Chakra amazónica (basada en madera y en frutas), monocultivo de cacao y bosque tropical- en la respiración microbiana del suelo, la actividad enzimática y la diversidad de macroinvertebrados en la Amazonía ecuatoriana. Los suelos forestales mostraron la mayor respiración edáfica (240 +/- 64.3 mg CO m ha, = 0.034), mientras que los sistemas agroforestales mantuvieron una actividad biológica intermedia, superando a los monocultivos en diversidad microbiana y función enzimática. El contenido de materia orgánica del suelo (SOM) a una profundidad de 10 cm fue significativamente mayor en los monocultivos (19.8 +/- 3.88%) que en los suelos de agroforestería y bosque ( = 0.006); sin embargo, la actividad enzimática mostró respuestas funcionales mayores en los sistemas de agroforestería y bosque. La relación entre la respiración de CO registrada (REC_CO) y la respiración basal (RBC_CO) mostró una tendencia no lineal, como reveló el suavizado LOWESS, lo que sugiere que la dinámica de la respiración microbiana está influenciada por la disponibilidad de sustrato y umbrales enzimáticos más allá de simples predicciones lineales. Estos hallazgos subrayan el potencial de la agroforestería como estrategia de uso sostenible de la tierra que mejora la biodiversidad del suelo, la captura de carbono y el ciclo de nutrientes. La implementación de prácticas de agroforestería optimizadas puede contribuir a la conservación del suelo a largo plazo y la resiliencia del ecosistema en agroecosistemas tropicales.