Aunque el sistema de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente (CRISPR)/proteína asociada 9 de CRISPR (Cas9) ha demostrado ser un sistema eficiente de edición génica múltiple en maíz, aún no estaba claro cómo funcionaría el sistema CRISPR/Cpf1 (Cas12a) para la edición génica múltiple en maíz. Con este fin, este estudio comparó el sistema CRISPR/Cpf1 y el sistema CRISPR/Cas9 para la edición génica múltiple en maíz. El factor de transcripción bZIP se utilizó como gen objetivo en ambos sistemas. Encontramos que en las generaciones T0 y T1, el sistema CRISPR/Cpf1 mostró una eficiencia de edición más baja que el sistema CRISPR/Cas9. Sin embargo, en la generación T2, el sistema CRISPR/Cpf1 generó más tipos de nuevas mutaciones. Mientras que el sistema CRISPR/Cas9 tendía a editar dentro del rango en el objetivo, el sistema CRISPR/Cpf1 prefería editar entre los objetivos. También encontramos que en el sistema CRISPR/Cpf1, la eficiencia de edición se correlacionaba positivamente con el nivel de expresión de Cpf1. En conclusión, el sistema CRISPR/Cpf1 ofrece opciones alternativas para la selección de sitios objetivo para la edición génica múltiple y tiene una eficiencia de edición aceptable en maíz, siendo una valiosa alternativa para la edición génica en cultivos.