Después de la entrada de un patógeno en cuarentena/regulado, las plantas infectadas deberán ser destruidas y el área cultivada (por ejemplo, invernadero) deberá ser desinfectada. Por lo tanto, la selección de un desinfectante efectivo juega un papel importante. Con la disponibilidad de diferentes métodos para la cuantificación de virus, investigamos la aplicación de ELISA cuantitativo (qELISA), RT-qPCR (reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa cuantitativa) y bioensayos para la cuantificación de la eficacia del desinfectante. Por lo tanto, estimamos la reducción del título en el virus del tomate de fruta marrón rugosa (ToBRFV), un patógeno regulado, en el savia de las plantas y en portadores de germen después del tratamiento con MENNO Florades 4% durante 16 horas. La carga viral antes y después del tratamiento se midió con los métodos mencionados. Los métodos RT-qPCR y qELISA mostraron una eficacia muy baja en presencia del desinfectante. Aunque los bioensayos son que consumen tiempo, necesitan partículas purificadas para establecer los modelos de cuantificación y son menos sensibles que RT-qPCR, pudieron cuantificar las diferencias en el título viral en presencia/ausencia de desinfectante. Curiosamente, los bioensayos alcanzaron al menos el límite inferior de sensibilidad de un qELISA. Al ser menos sensibles a la presencia del desinfectante, los bioensayos demostraron ser la única técnica para la determinación de la eficacia del desinfectante contra ToBRFV en diferentes portadores de germen, así como en savia de plantas infectadas por virus.