La mosca de la fruta del durazno (Tephritidae) es económicamente relevante como una plaga altamente polifágica que infesta más de 50 plantas hospedadoras, incluyendo cultivos comerciales de frutas y horticultura. Como especie invasora, se estableció firmemente en Egipto y tiene el potencial de expandirse aún más por la cuenca del Mediterráneo. El presente estudio demostró que la mosca de la fruta del durazno se encontró multiplicándose en olivares en dos ubicaciones distantes en Egipto. Este es el primer informe sobre su desarrollo en aceitunas. La codificación COI ha revelado evidencia de alta diversidad en estas poblaciones de mosca de la fruta del durazno. Estos datos son consistentes con múltiples eventos en lugar de un solo evento que condujo tanto a la invasión de la mosca de la fruta del durazno en Egipto como a su adaptación a la aceituna. Los datos comparativos de microbiomas para el desarrollo en diferentes plantas hospedadoras fueron indicativos de que la dinámica del microbioma está involucrada en la adaptación a la aceituna como un nuevo nicho con un potencial papel adaptativo para las bacterias. Se discute la posibilidad de transferencia de simbiontes de la mosca de la aceituna a la mosca de la fruta del durazno. Los simbiontes bacterianos relevantes para el cambio de hospedador podrían ser objetivos preferidos de estrategias de interrupción de simbiosis para el manejo integrado de plagas o el control biológico.