La compatibilidad de cada cepa en un probiótico de múltiples cepas (MSP), junto con sus propiedades, se convierte en una base sólida para su formulación. En este estudio, se evaluaron in vitro los probióticos de cepa única (SSP) y los probióticos de múltiples cepas (MSP) en cuanto a la compatibilidad de cepas, antagonismo microbiano, capacidad de formación de biopelículas y tolerancia al estrés. L11, LAB3 y SPS11 fueron elegidos como candidatos a MSP1 porque mostraron un antagonismo mucho más fuerte que un probiótico único. Los candidatos a MSP2 fueron las cepas SPS11, A1 y NAS32 porque la zona de inhibición producida por MSP2 fue mucho mayor que la producida por sus SSP constituyentes. MSP1 en el ensayo de co-cultivo redujo (< 0.05) el recuento de 9.89 +/- 0.1 CFU mL a 2.14 +/- 0.2 CFU mL. La formación de biopelículas de ambos MSP fue significativamente mayor (< 0.05) que la de sus SSP constituyentes y los patógenos. Los SSP en ambos MSP generalmente mostraron resistencia a altas temperaturas (80, 90 y 100 grados C) y un amplio rango de pH (2 a 9). Este estudio de evaluación in vitro demuestra que MSP1 y 2 tienen el potencial de ser explorados más a fondo como probióticos de múltiples cepas en especies acuáticas seleccionadas.