El pardeamiento enzimático es un problema importante en el procesamiento de papas, causando una disminución tanto en el valor nutricional como en la calidad. Aunque hay numerosos estudios sobre el mecanismo del pardeamiento enzimático de los tubérculos de papa, hay pocos informes relevantes sobre los cambios a nivel de transcriptoma durante el pardeamiento enzimático, así como sobre las diferencias en el proceso de pardeamiento de los tubérculos de papa con diferentes grados de potencial de pardeamiento enzimático. Para obtener información sobre el mecanismo molecular del pardeamiento enzimático después de cortar, este estudio presenta la caracterización transcripcional de eventos moleculares temporales durante el pardeamiento enzimático de tubérculos de papa resistentes al pardeamiento (BR) y susceptibles al pardeamiento (BS). El análisis de secuenciación de ARN (RNA-seq) detectó 19,377 y 13,741 genes expresados diferencialmente (DEGs) en los tubérculos BR y BS, respectivamente, con un enriquecimiento funcional similar observado utilizando análisis de enriquecimiento de Ontología Genética (GO) y la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG). Los DEGs regulados al alza estaban significativamente enriquecidos en las vías relacionadas con la biosíntesis de fenoles y lípidos, mientras que los DEGs regulados a la baja estaban significativamente enriquecidos en las vías relacionadas con la muerte celular programada. Las vías relacionadas con el redox ocurrieron significativamente antes en los tubérculos BS en comparación con los tubérculos BR. Un análisis adicional reveló que los tubérculos BS tenían una mayor capacidad de síntesis de fenoles en comparación con los tubérculos BR. Sin embargo, los tubérculos BR mostraron una mayor capacidad de eliminación de radicales libres en comparación con los tubérculos BS. Los resultados de nuestro estudio proporcionan información sobre los eventos moleculares temporales que ocurren durante el pardeamiento enzimático de los tubérculos de papa después de cortarlos y los posibles mecanismos moleculares para diferentes grados de pardeamiento enzimático.