El color de la flor, un rasgo fenotípico crítico de las plantas ornamentales, es un indicador esencial para la clasificación de variedades de flores. Muchos factores físicos e internos que afectan el color de la flor han sido ampliamente investigados; sin embargo, los efectos de los factores internos durante el período de floración siguen siendo desconocidos. En este estudio, evaluamos los efectos de los factores internos en la coloración floral durante el período de floración de cuatro cultivares de crisantemo de diferentes colores. Las medidas colorimétricas mostraron que L*, a* y b* estaban en correlación con la luminosidad y el desarrollo del color en los cuatro cultivares de crisantemo. Se observó la forma distintiva de las células epidérmicas superiores en cada etapa de floración de crisantemos de diferentes colores. Con la progresión del proceso de floración, el contenido de antocianinas y carotenoides aumentó durante las primeras etapas, disminuyó en la etapa de senescencia y fue el más alto en la etapa de plena floración. El pH vacuolar de las flores disminuyó gradualmente a medida que la flor florecía. Los contenidos de metales en las flores variaron entre las diferentes variedades de crisantemo. Genes de biosíntesis de antocianinas, como y , se expresaron y fueron responsables de los cambios de pigmentación en crisantemos rojos. Además, el patrón de expresión de genes relacionados con el pH del citosol, como , , y , estuvo de acuerdo con una disminución del pH durante las etapas de floración. Nuestros resultados revelaron los efectos de los principales factores internos en el color floral durante el período de floración en cuatro variedades, proporcionando información sobre los mecanismos regulatorios introcelulares y moleculares de la coloración de las flores y sentando las bases clave para la mejora de la cría de colores en crisantemos.