La albahaca limón es una planta aromática muy valorada, conocida por su distintivo aroma cítrico. Este estudio tuvo como objetivo evaluar sustratos y sistemas de cultivo sostenibles para su producción. Se llevaron a cabo dos experimentos complementarios y secuenciales: un experimento inicial diseñado para comparar la fibra de coco mezclada en diferentes proporciones con perlita y lana de roca, evaluando su efectividad durante la germinación y el crecimiento temprano (experimento 1), y un experimento posterior destinado a evaluar el rendimiento de las plantas en un sistema acuapónico desacoplado en relación con la hidroponía, utilizando la mezcla de fibra de coco-perlita de mejor rendimiento de la primera fase junto con lana de roca como sustratos (experimento 2). El sustrato con 70% de fibra de coco y 30% de perlita (F70:P30) mejoró significativamente la germinación de semillas, el número de hojas y el área total de hojas de las plántulas. El sistema de cultivo acuapónico desacoplado resultó en un aumento del 52.5% en el contenido de flavonoides, acompañado de una mayor absorción de calcio y magnesio en tallos y raíces en comparación con la hidroponía. Estos hallazgos subrayan claramente el potencial de los sustratos de fibra de coco mezclados con perlita como alternativas sostenibles a la lana de roca, reduciendo el impacto ambiental, los costos de eliminación y los riesgos para la salud. De manera similar, el cultivo acuapónico surge como una estrategia valiosa para la producción sostenible de albahaca limón, ofreciendo rendimientos comparables a la hidroponía mientras mejora la calidad nutricional y fitoquímica de las plantas a través de interacciones beneficiosas entre plantas y microbios. Estos resultados proporcionan evidencia práctica que apoya la adopción de sustratos y prácticas de cultivo respetuosos con el medio ambiente, contribuyendo así de manera significativa a los sistemas de producción vegetal intensiva sostenible.