El cultivo de manzanas en Japón generalmente implica el uso de fertilizantes químicos y pesticidas que pueden dañar el medio ambiente. Por lo tanto, en este estudio investigamos las características bioquímicas del suelo del huerto, así como el contenido de nutrientes de la fruta y los residuos de pesticidas de las manzanas cultivadas ya sea de forma orgánica (fertilizantes orgánicos + pesticidas reducidos) o con fertilizantes químicos convencionales y tasas de pesticidas. En comparación con el tratamiento de fertilizantes químicos convencionales, el tratamiento con fertilizantes orgánicos produjo frutas con un contenido significativamente mayor de azúcar, así como suelo con un mayor contenido de carbono total, nitrógeno total y fósforo total. También se encontró una biomasa bacteriana del suelo significativamente mayor y una mayor circulación de N en los tratamientos con fertilizantes orgánicos. Se detectaron residuos mínimos de pesticidas en las frutas fertilizadas orgánicamente, pero en las manzanas cultivadas con tasas convencionales de fertilizantes y pesticidas, se encontraron niveles significativamente más altos de propargita que se utilizaba para controlar los ácaros. Estos niveles de residuos en los huertos fertilizados convencionalmente excedían los estándares de residuos europeos y del Codex. Estos resultados indican que prácticas de gestión del suelo arborícola respetuosas con el medio ambiente, como el uso de fertilizantes orgánicos y la reducción de pesticidas, pueden mejorar el ciclo de nutrientes en el suelo, reducir la carga sobre el medio ambiente y promover la seguridad alimentaria.