Xanthohumol (XN), isoxanthohumol (IX) y 8-prenylnaringenina (8-PN) son prenilflavonoides importantes presentes en lúpulo con propiedades beneficiosas potenciales. En este estudio, examinamos las diferencias en el contenido de XN, IX y 8-PN en lúpulo y cerveza producida bajo regímenes de producción orgánica y convencional. Se desarrolló y validó un método de cromatografía líquida de ultra alta resolución acoplada a espectrometría de masas en tándem (UHPLC-MS/MS) para analizar XN, IX y 8-PN en lúpulo y cerveza, con un LOQ que varía de 0.5 a 10 ng/mL. Finalmente, examinamos las proporciones de isótopos N/N y C/C en el lúpulo y la cerveza utilizando espectrometría de masas de relación de isótopos (IRMS). Los resultados muestran que no hay diferencias estadísticamente significativas en el contenido de los prenilflavonoides seleccionados entre el lúpulo y la cerveza producidos orgánicamente y convencionalmente, tanto en el grupo de muestra completo como entre las parejas emparejadas. El análisis de isótopos estables indicó que solo los valores de N son estadísticamente más altos en el lúpulo y la cerveza producidos orgánicamente. Sin embargo, la diferenciación según el tipo de producción no podría hacerse únicamente en función de la firma de N, pero podría utilizarse como evidencia de apoyo.