Las plantas de Magnoliaceae son especies arbóreas industriales con un alto valor ornamental y medicinal. Publicamos seis genomas completos de cloroplastos de Magnoliaceae utilizando secuenciación Illumina. Estos mostraron una estructura cuadripartita típica de angiospermas y tenían un tamaño de 159,901-160,008 pb. Se identificaron un total de 324 loci de microsatélites y seis regiones intergénicas variables (Pi > 0.01) en seis genomas. En comparación con cinco otros genomas, la contracción y expansión de las regiones IR fueron significativamente diferentes. Para obtener una comprensión más profunda de las relaciones intergenéricas en Magnoliaceae, también incluimos 31 genomas de cloroplastos publicados de especies cercanas para análisis filogenéticos. Se proporcionan nuevas perspectivas sobre las relaciones intergenéricas de Magnoliaceae basadas en nuestros resultados y en información morfológica, fitoquímica y anatómica previa. Sugerimos que el género debería separarse del género y su posición sistemática debería ser restaurada; los géneros deberían fusionarse en el género; los géneros deberían combinarse en un solo género. Estos hallazgos proporcionarán una base teórica para ajustar la posición filogenética de Magnoliaceae a nivel molecular.