Este estudio investiga la diversidad genética, la estructura poblacional y las firmas de selección de la cabra negra Baiyu y la cabra negra Chuanzhong de la provincia de Sichuan, China. Estas razas, que están adaptadas a distintos entornos ecológicos, presentan diferencias significativas en el crecimiento y el rendimiento reproductivo. Realizamos un análisis exhaustivo para explorar sus relaciones genéticas y rasgos de rendimiento utilizando datos de resecuenciación del genoma completo de 30 cabras negras Baiyu y 41 cabras negras Chuanzhong, junto con datos de tres razas adicionales de cabras. Nuestros resultados muestran que las cabras negras Chuanzhong son más grandes y tienen un mayor éxito reproductivo en comparación con las cabras negras Baiyu. El análisis genético reveló que la cabra negra Baiyu posee una mayor diversidad genética y está más estrechamente relacionada con las cabras de cachemira tibetanas, mientras que las cabras negras Chuanzhong están genéticamente más cerca de las cabras grises de Chengdu. Además, identificamos varios genes asociados con la inmunidad, el neurodesarrollo, la reproducción, el tamaño corporal y la calidad de la carne, que pueden informar futuros programas de cría para mejorar el rendimiento y la sostenibilidad. Este estudio proporciona valiosos conocimientos para la conservación y mejora genética de estas razas de cabras.