Análisis transcriptómico comparativo de genotipos tolerantes y sensibles de frijol común (L.) en respuesta al estrés hídrico terminal
Autores: Subramani, Mayavan; Urrea, Carlos A.; Habib, Rasheed; Bhide, Ketaki; Thimmapuram, Jyothi; Kalavacharla, Venu
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Análisis transcriptómico
DEGs
Tolerancia a la sequía
Comparación de genotipos
Ontología genética
Mecanismos moleculares
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
Realizamos un análisis transcriptómico a nivel genómico de tres genotipos de frijol común, tolerantes y sensibles a la sequía, para examinar sus respuestas transcripcionales al estrés hídrico terminal. Luego, realizamos comparaciones por pares entre los transcriptomas de raíz y hoja de los tejidos resultantes, basándonos en datos transcriptómicos combinados de los genotipos tolerantes y sensibles. Nuestros datos transcriptómicos revelaron que 491 (6.4%) genes expresados diferencialmente (DEGs) estaban regulados al alza en los genotipos tolerantes, mientras que estaban regulados a la baja en los genotipos sensibles; de igual manera, 396 (5.1%) DEGs regulados al alza en los genotipos sensibles estaban regulados a la baja en los genotipos tolerantes. Se identificaron varios factores de transcripción, proteínas de choque térmico y chaperonas en el estudio. Varios DEGs en la base de datos de sequía se superpusieron entre los genotipos. Los términos de GO (ontología genética) para procesos biológicos mostraron una regulación al alza de DEGs en genotipos tolerantes para el transporte transmembrana de sulfato y fármacos en comparación con los genotipos sensibles. Un término de GO para componentes celulares se enriqueció con DEGs regulados al alza para el apoplasto en genotipos tolerantes. Estos resultados respaldaron el patrón temporal del crecimiento de la raíz (elongación e iniciación del crecimiento de la raíz) y la respuesta a la sequía mediada por ABA en genotipos tolerantes. El análisis de KEGG (enciclopedia de genes y genomas de Kioto) reveló una regulación al alza de las vías de señalización de MAPK (quinasa activada por mitógenos) y de hormonas vegetales en genotipos tolerantes. Como resultado de este estudio, será posible descubrir los mecanismos moleculares de la tolerancia a la sequía en respuesta al estrés hídrico terminal en el campo. Además, el análisis transcriptómico a nivel genómico de ambos genotipos tolerantes y sensibles nos ayudará a identificar genes potenciales que puedan contribuir a mejorar la tolerancia a la sequía en el frijol común.
Descripción
Realizamos un análisis transcriptómico a nivel genómico de tres genotipos de frijol común, tolerantes y sensibles a la sequía, para examinar sus respuestas transcripcionales al estrés hídrico terminal. Luego, realizamos comparaciones por pares entre los transcriptomas de raíz y hoja de los tejidos resultantes, basándonos en datos transcriptómicos combinados de los genotipos tolerantes y sensibles. Nuestros datos transcriptómicos revelaron que 491 (6.4%) genes expresados diferencialmente (DEGs) estaban regulados al alza en los genotipos tolerantes, mientras que estaban regulados a la baja en los genotipos sensibles; de igual manera, 396 (5.1%) DEGs regulados al alza en los genotipos sensibles estaban regulados a la baja en los genotipos tolerantes. Se identificaron varios factores de transcripción, proteínas de choque térmico y chaperonas en el estudio. Varios DEGs en la base de datos de sequía se superpusieron entre los genotipos. Los términos de GO (ontología genética) para procesos biológicos mostraron una regulación al alza de DEGs en genotipos tolerantes para el transporte transmembrana de sulfato y fármacos en comparación con los genotipos sensibles. Un término de GO para componentes celulares se enriqueció con DEGs regulados al alza para el apoplasto en genotipos tolerantes. Estos resultados respaldaron el patrón temporal del crecimiento de la raíz (elongación e iniciación del crecimiento de la raíz) y la respuesta a la sequía mediada por ABA en genotipos tolerantes. El análisis de KEGG (enciclopedia de genes y genomas de Kioto) reveló una regulación al alza de las vías de señalización de MAPK (quinasa activada por mitógenos) y de hormonas vegetales en genotipos tolerantes. Como resultado de este estudio, será posible descubrir los mecanismos moleculares de la tolerancia a la sequía en respuesta al estrés hídrico terminal en el campo. Además, el análisis transcriptómico a nivel genómico de ambos genotipos tolerantes y sensibles nos ayudará a identificar genes potenciales que puedan contribuir a mejorar la tolerancia a la sequía en el frijol común.