Cinco socios institucionales participaron en una comparación interlaboratorial de extracción de ácidos nucleicos, preservación de ARN y ensayos cuantitativos de PCR en tiempo real (qPCR) para biocenosis de biogás derivadas de diferentes fermentadores de silo de pasto a escala de laboratorio y piloto. Un sistema de extracción de ADN en formato de kit basado en lisis física y química con excelente eficiencia de extracción produjo resultados altamente reproducibles entre los socios y claramente superó a un método tradicional basado en CTAB/cloroformo/alcohol isoamílico. El propósito analítico, la textura de la muestra, la consistencia y los pasos de pretratamiento aguas arriba determinan las modificaciones que deben aplicarse para lograr la máxima eficiencia en el equilibrio entre la pureza del extracto y la tasa de recuperación de ácidos nucleicos. La extracción de ARN fue mucho más variable, y el destino del extracto determina el método a utilizar. La estabilización del ARN con sales de amonio cuaternario fue un enfoque tan satisfactorio como la congelación rápida en nitrógeno líquido. Debido a las impurezas co-eluidas, la espectrofotometría resultó tener un valor limitado para la calificación y cuantificación de ácidos nucleicos en extractos obtenidos con el kit, y la cuantificación basada en picoGreen fue más confiable. La absorbancia a 230 nm puede ser extremadamente alta en presencia de ciertas sales guanidínicas caotrópicas, pero el isotiocianato de guanidinio no afecta al (q)PCR. La cuantificación absoluta por qPCR requiere la aplicación de un estándar interno confiable para el cual los valores correctos de eficiencia de PCR y de intersección en Y son importantes y deben ser reportados.