Los complejos de especies de plantas representan un ejemplo particularmente interesante de grupos taxonómicamente complejos (TCGs), vinculando la hibridación, la apomixis y la poliploidia con patrones morfológicos complejos. En tales TCGs, las combinaciones de caracteres en forma de mosaico y los conflictos de datos morfológicos con filogenias moleculares presentan un gran problema para la clasificación de especies. Aquí, utilizamos el gran complejo apomíctico poliploide europeo para estudiar las relaciones entre cinco especies progenitoras sexuales diploides y 75 taxones derivados apomícticos poliploides, basándonos en morfometría geométrica utilizando 11,690 objetos con puntos de referencia (hojas basales y de tallo, receptáculos), datos genómicos (97,312 loci de RAD-Seq, 48 genes de enriquecimiento dirigido en fase, 71 regiones plastidiales) de 220 poblaciones. Mostramos que (1) los clústeres genómicos observados corresponden a agrupaciones morfológicas basadas en hojas basales y rasgos concatenados, y los grupos morfológicos se resolvieron mejor con datos de RAD-Seq; (2) los taxones apomícticos descritos generalmente se superponen dentro del morfoespacio de rasgos, excepto por aquellos taxones en los bordes del espacio; (3) los fenotipos apomícticos están altamente influenciados por la composición del subgenoma parental y en menor medida por factores climáticos; y (4) los taxones apomícticos alopoliploides, en comparación con su progenitor sexual, se asemejan a un mosaico de biotipos ecológicos y morfológicos intermedios a transgresivos. La evaluación conjunta de datos filogenómicos, fenotípicos, reproductivos y ecológicos apoya una revisión de las clasificaciones morfológicas tradicionales puramente descriptivas y subjetivas.