La anotación funcional precisa de secuencias proteicas se ve obstaculizada por factores importantes como el fracaso de los métodos de búsqueda de secuencias para identificar relaciones y la diversidad inherente a la función de proteínas relacionadas con escasas similitudes de secuencia. Anteriormente, habíamos empleado un enfoque intermedio de búsqueda de secuencias para establecer nuevas relaciones de dominio en las regiones no asignadas de productos génicos a nivel de genoma completo tomando Mycoplasma gallisepticum como ejemplo específico y establecimos nuevas relaciones de dominio. En este trabajo, presentamos una comparación detallada del estado de conservación del dominio y de las arquitecturas de dominio de los productos génicos que llevan nuestros nuevos dominios predichos entre otros 14 genomas de Mycoplasma e informamos de las probables implicaciones para los organismos. Algunas de las asociaciones de dominios, observadas en Mycoplasma que afligen a humanos y otros primates no humanos, están implicadas en la regulación del transporte de solutos y la unión del ADN, lo que sugiere modos específicos de interacción huésped-patógeno.