Antecedentes: Esta investigación evaluó la actividad metabólica y antioxidante en variedades de maíz rojo, blanco y amarillo cultivadas en la región de Cotopaxi. Métodos: Se utilizaron métodos colorimétricos para el contenido total de fenoles y flavonoides, mientras que el método LC-MS se utilizó para el perfil metabólico. Además, se emplearon ensayos como ABTS, FRAP y DPPH para determinar su capacidad de neutralizar radicales libres y reducir oxidantes. Resultados: El maíz rojo contiene un nivel significativamente mayor de compuestos bioactivos naturales en comparación con otras variedades. Los fenoles y los flavonoides son cruciales en la capacidad antioxidante, contribuyendo significativamente a la eliminación de radicales libres y la reducción de oxidantes. El análisis comparativo de las propiedades biológicas y los compuestos bioactivos en estas variedades de maíz proporciona valiosas ideas sobre las ventajas de consumir maíz rojo en términos de aptitud, enfatizando la importancia de los fenoles y flavonoides en su actividad antioxidante. Conclusiones: Nuestros hallazgos sugieren que el maíz rojo podría ofrecer mayores beneficios para la salud en comparación con el maíz blanco y amarillo, subrayando la importancia de estudios continuos de las propiedades biológicas y los compuestos bioactivos en diferentes variedades de maíz.