Las asociaciones de zooplancton en los lagos patagónicos chilenos se caracterizan principalmente por su baja biodiversidad y un alto predominio de copépodos calanoides, un patrón que se ha estudiado en lagos grandes y profundos entre 38 y 51° S, y en estanques someros a 51° S. El objetivo del presente estudio fue analizar las asociaciones de zooplancton en diferentes cuerpos de agua ubicados en zonas costeras, valles medios y zonas montañosas entre 37 y 39° S. Para ello, se consideraron las siguientes variables: profundidad máxima, latitud, altitud, clorofila-a y número de especies. A estas variables se les aplicó un Análisis de Componentes Principales (ACP). También se aplicó un análisis de modelo nulo de coocurrencia para determinar la existencia de un proceso aleatorio en las asociaciones de especies de crustáceos. Los resultados indicaron una baja riqueza de especies y diferentes asociaciones de especies en los sitios estudiados, y el análisis del modelo nulo reveló la ausencia de un proceso aleatorio como regulador de las asociaciones de especies. Además, se identificó una baja relación especies/géneros, lo que indica una baja productividad de los sitios estudiados. Estos resultados fueron respaldados por un análisis de ACP, que indicó que los principales factores determinantes son la concentración de clorofila y el número de especies, que están directamente asociados. Los resultados obtenidos concuerdan con las descripciones en la literatura sobre la diversidad de especies de los lagos de la Patagonia chilena, que describe la oligotrofia como el principal regulador de las asociaciones de zooplancton. En el presente estudio se discuten otros temas ecológicos y limnológicos.