Este estudio tuvo como objetivo investigar: (1) el perfil bioactivo de semillas, cáscaras y hojas de genotipos seleccionados de café conilon (n = 42) de tres cosechas consecutivas para la selección de plantas que satisfagan intereses de salud, (2) la variabilidad en el contenido de estos compuestos bioactivos a lo largo de las cosechas, y (3) posibles correlaciones entre los contenidos de los compuestos evaluados en las diferentes partes de la planta. Las plantas de conilon seleccionadas fueron reproducidas por propagación clonal. Los compuestos bioactivos se analizaron utilizando HPLC-DAD. Se cuantificaron ocho ácidos clorogénicos (CGA), cafeína, trigonelina y compuestos fenólicos menores (base seca) en todos los extractos. Los contenidos de CGA en semillas, cáscaras y hojas variaron entre 3.71 y 9.71 g/100 g, 0.43 y 1.65 g/100 g, y 0.80 y 2.22 g/100 g, respectivamente. Los contenidos de cafeína variaron entre 1.21 y 2.63 g/100 g, 0.13 y 0.84 g/100 g, y 0.33 y 2.01 g/100 g en semillas, cáscaras y hojas, respectivamente. Los contenidos de trigonelina variaron entre 0.83 y 1.12 g/100 g, 0.59 y 1.24 g/100 g, y 0.74 y 1.84 g/100 g, respectivamente. Se observó que la variación entre las tres cosechas fue mayor para CGA. Se observó una correlación discreta entre CGA y cafeína en las semillas (r: 0.72, p = 0.003). Algunos de los genotipos mostraron consistentemente mayores contenidos de estos compuestos bioactivos que otros (no solo en las semillas, sino también en las cáscaras y hojas), siendo buenos candidatos para el registro de cultivares que satisfagan diversas demandas del mercado en las industrias alimentaria y farmacéutica. Los estudios que evalúan el uso potencial de nuevos genotipos y subproductos son importantes para la diversificación y el máximo aprovechamiento de las plantas de café, promoviendo la sostenibilidad y el retorno financiero a los agricultores y al país productor.