El presente estudio analizó las modificaciones espacio-temporales de la comunidad fitoplanctónica y la calidad del agua durante las estaciones seca y lluviosa. La comunidad fitoplanctónica se estudió en tres áreas: el Embalse Armando Ribeiro Gonçalves (ARG), un importante embalse de uso público en RN; el Canal de Pataxó (CP - antes del tratamiento de agua) en Itajá, RN; y después del tratamiento de agua (PTA). Se recolectaron muestras de agua del embalse durante las estaciones seca (enero, febrero y noviembre de 2006) y lluviosa (marzo a junio de 2006). Se realizaron análisis cuali-cuantitativos del fitoplancton. Los resultados indicaron una similitud cualitativa de la comunidad fitoplanctónica en las tres áreas. Sin embargo, se registraron diferencias significativas en estas áreas en cuanto a la abundancia relativa de especies, con predominio de cianobacterias potencialmente tóxicas, como Planktothrix agardhii Gomont (temporada seca) y Microcystis aeruginosa Kutz (temporada húmeda). Los índices ecológicos obtuvieron valores más altos antes del tratamiento del agua. No obstante, las densidades de cianobacterias (organismos/mL) disminuyeron gradualmente en las aguas del embalse y del canal Pataxó antes y después del tratamiento. Después del tratamiento, los valores de densidad de cianobacterias fueron adecuados para el consumo humano, según los valores establecidos por el Ministerio de Salud.