Se estudió la comunidad fitoplanctónica y los factores abióticos del embalse Cruzeta a tres profundidades: superficial, media (2 m) y de fondo, desde septiembre de 2004 hasta junio de 2005, con el fin de caracterizar el ambiente y evaluar los posibles factores que influyen en el cambio composicional del fitoplancton. Se identificaron noventa especies pertenecientes a seis clases (Chlorophyceae, Bacillariophyceae, Cyanophyceae, Dinophyceae, Chrysophyceae y Euglenophyceae), con 66 y 80 unidades taxonómicas en las estaciones seca y lluviosa. La clase más representativa en términos de riqueza de especies fue Chlorophyceae, dominada por Scendesmus quadricauda, ​​Oocystis sp. y Chlorella sp. El grupo de las cianobacterias estuvo representado por 18 especies de diversas características morfológicas y predominó Cylindrospermopsis raciborskii en septiembre de 2004. El otro grupo principal, Bacillariophyceae, está representado por 21 especies, con predominio de Aulacoseira granulata en aguas de columna media y de fondo. La otra especie dominante fue Phacus acuminatus de Euglenophyceae. Los índices de diversidad y uniformidad de especies fueron altos, moderados y bajos en relación con los tres hidroperiodos registrados durante el ciclo anual 2004-2005. El embalse presenta una alta conductividad eléctrica (290-550 MS.cm–1), un pH alcalino (7,3-9,4), una temperatura media de 28 °C, concentraciones variables de oxígeno disuelto (3,29-7,6 mg.L–1) y la mayor concentración de nutrientes en el fondo (ortofosfato, 0,22-0,62 mg.L–1), con una tendencia general a un estado oligomesotrófico durante los períodos de muestreo. La clorofila a fluctuó hasta un mínimo de 1,34 Mg.L–1 en el fondo en abril de 2005 y un máximo de 14,3 Mg.L–1 en el agua de la columna media en septiembre de 2004. El embalse se caracteriza por un ambiente oligomesotrófico.