Se recolectaron ciento trece especímenes de Franciscodoras marmoratus (Reinhardt, 1874) en el curso superior del río São Francisco (18° 12’ 32” S, 45° 15’ 41” O, estado de Minas Gerais) entre septiembre de 1999 y enero de 2004 para investigar su fauna parasitaria. De este total, 45 (39,8%) estaban afectados por al menos una especie de parásito. La riqueza parasitaria consistió en seis especies representadas por Hirudinea (n = 20), Monogenoidea (n = 25), Eucestoda (n = 55), Nematoda (n = 1, n = 2) y Acanthocephala (n = 41), halladas en los períodos seco y húmedo, lo que suma un total de 144 especímenes. Proteocephalus renaudi (Chambrier y Vaucher, 1994) fue la única especie con una prevalencia superior al 10% y un patrón típico de distribución agregada. La prevalencia, intensidad y abundancia de P. renaudi no se vieron afectadas por la longitud total ni el sexo de los hospedadores, ni por los períodos de recolección. El factor de condición relativa indicó que la salud de los hospedadores de P. renaudi no se vio afectada significativamente en comparación con los peces no infectados por parásitos. Los peces sembrados en tanques antes de la necropsia fueron infestados oportunistamente por Lernaea cyprinacea (Yashuv, 1959). Los diversos parásitos encontrados indican que F. marmoratus es omnívoro y un posible hospedador definitivo. Las especies de parásitos, con excepción de Acanthocephala, han expandido su distribución geográfica conocida a la cuenca del río São Francisco. La comunidad parasitaria se consideró aislacionista debido a la baja diversidad de endoparásitos, las infrapoblaciones con baja intensidad, la falta de evidencia de interacciones parasitarias y los escasos signos de agresión parasitaria contra sus huéspedes.