Una amplia gama de microorganismos, incluidos los endófitos, interactúa frecuentemente con los árboles forestales. El papel de los endófitos en las coníferas industriales no ha sido completamente investigado. La picea Yezo se utiliza ampliamente para la tala en Rusia y Japón. En este trabajo, se analizaron las comunidades endofíticas de bacterias y hongos en agujas, ramas y madera fresca saludables del Territorio de Primorsky utilizando análisis metagenómico. Los resultados indican que la diversidad de las comunidades endofíticas está predominantemente influenciada por las partes específicas del árbol (tanto para bacterias como para hongos) y por diferentes especímenes de árbol (para hongos). Las clases bacterianas más abundantes fueron Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria y Actinobacteria. El análisis funcional de los ortólogos KEGG (KOs) en la comunidad bacteriana endofítica utilizando PICRUSt2 y la ontología PLaBAse PGPT reveló que el 59.5% de los 8653 KOs estaban asociados con rasgos promotores del crecimiento de plantas (PGPTs), principalmente, colonización, protección contra el estrés, bio-fertilización, bio-remediación, producción de vitaminas y competencia. El análisis metagenómico identificó una alta abundancia de los géneros y en , que son conocidos por su potencial actividad promotoras del crecimiento en otras especies de coníferas. Las clases fúngicas dominantes en fueron Dothideomycetes, Sordariomycetes y Eurotiomycetes. Notablemente, el género mostró un aumento pronunciado en la abundancia relativa dentro de la madera fresca y las agujas de la picea Yezo, mientras que mostró una abundancia elevada específicamente en la madera fresca. Se sabe que algunos de estos hongos exhiben actividad antagonista contra hongos fitopatógenos. Así, nuestro estudio describe las comunidades endofíticas de la picea Yezo y proporciona una base para la producción de biológicos con aplicaciones potenciales en silvicultura y agricultura.