Un enfoque prometedor para el desarrollo de ADCs de alta afinidad dirigidos a tumores es el uso de fármacos proteicos diseñados, como las moléculas affibody, que representan una alternativa valiosa a los anticuerpos monoclonales (mAbs) en la terapia dirigida contra el cáncer. Desarrollamos un método para una purificación más eficiente del conjugado de affibody ZDCS con el agente antimitótico citotóxico auristatina E (MMAE), y su eficacia se probó in vitro en la viabilidad celular, proliferación, migración y apoptosis. Los efectos de ZDCS-MMAE se compararon con el anticuerpo monoclonal aprobado clínicamente trastuzumab (Herceptin). Para demostrar que ZDCS-MMAE puede dirigirse selectivamente a las células tumorales que sobreexpresan HER2, utilizamos tres líneas celulares diferentes: las líneas celulares de adenocarcinoma humano SK-BR-3 y ZR-75-1, ambas sobreexpresando HER2, y la línea celular de cáncer de mama triple negativo MDA-MB-231. El ensayo MTT mostró que ZDCS-MMAE induce un efecto tóxico significativo dependiente del tiempo en las células SK-BR-3. Se encontró una reducción del 30% en la viabilidad celular después de 10 minutos de exposición a una concentración de 7 nM (IC de 80.2 nM). Por el contrario, las células MDA-MB-231, que expresan niveles basales de HER2, no se vieron afectadas por el conjugado. El efecto citotóxico del ZDCS-MMAE se confirmó midiendo la apoptosis mediante citometría de flujo. En las células SK-BR-3, concentraciones crecientes de affibody conjugado indujeron muerte celular a partir de 10 minutos de tratamiento, con el efecto más fuerte observado después de 48 horas. En general, estos resultados demuestran que el ADC, formado por el affibody anti-HER2 conjugado a monometil auristatina E, interactúa de manera eficiente y con alta afinidad con las células cancerosas positivas para HER2 in vitro, permitiendo la entrega selectiva y específica de la carga citotóxica.