El área de enfoque se encuentra en los distritos de Beja y Faro (suroeste de Portugal), donde existe el Grupo Flysch de Baixo Alentejo, compuesto por las Formaciones de Mértola, Mira y Brejeira. El objetivo de este artículo es caracterizar la contaminación de las aguas subterráneas por tolueno, uno de los productos del petróleo que puede originarse de sistemas petroleros naturales y que ha sido introducido en el medio ambiente por filtraciones naturales. Para este estudio, se recolectaron veinte muestras de suelo y treinta y una muestras de agua en 2016, de pozos artesianos, perforaciones y manantiales, y se analizaron en un sistema GC-FID. La toma de muestras se realizó utilizando viales de espacio de cabeza, con agua destilada y un bactericida para inhibir cualquier actividad bacteriana. Los resultados mostraron que el 93.5% de las muestras de agua se encuentran entre 1000 y 6000 g/L, y el 55% son superiores a 3000 g/L de concentración de tolueno. En las muestras de suelo, las cantidades de tolueno son inferiores a 1000 g/L en general. Estos niveles son mucho más altos que la guía basada en la salud de la Organización Mundial de la Salud para agua potable (700 g/L) y superiores a los que se encuentran normalmente en otros lugares, siendo solo comparables con valores de contaminación industrial severa. Las aguas subterráneas contaminadas representan una grave preocupación para la salud humana, y los residentes deben ser informados para evitar beber agua subterránea contaminada o usarla para otros propósitos domésticos.