El condado de Makueni se encuentra en la región semiárida del sureste de Kenia, caracterizada por lluvias poco confiables y recursos hídricos superficiales limitados. Esto requiere una alta dependencia de las aguas subterráneas para uso doméstico y agrícola. En este documento, informamos sobre las características fisicoquímicas de 20 fuentes de agua potable (pozos, pozos poco profundos, arroyos y agua de grifo) recolectadas durante la temporada seca (noviembre de 2018), los procesos geoquímicos que controlan su composición y su idoneidad para el agua potable y el riego. De todos los parámetros fisicoquímicos analizados, las concentraciones de sólidos disueltos totales, dureza, conductividad eléctrica, magnesio, calcio, cloruro y fluoruro superaron los límites permisibles de agua potable establecidos por la Organización Mundial de la Salud (OMS) y la Oficina de Normas de Kenia (KEBS) en hasta el 55% de las muestras. Los iones dominantes reflejan la alta salinidad en el agua, que varió de muy alta a extrema en hasta el 50% de las muestras. La región norte muestra las concentraciones más altas de los parámetros dominantes. El tipo de agua es predominantemente Ca-Mg-HCO con una tendencia a Ca-Mg-Cl-SO. Se sugiere que la meteorización de rocas y la evaporación son los principales controles de las características geoquímicas de las aguas subterráneas. La alta salinidad y el fluoruro, que se asocian con un sabor indeseable reportado y trastornos gastrointestinales, así como casos de fluorosis dental, son algunos de los efectos del consumo de aguas subterráneas en la región. Estos dos parámetros pueden atribuirse a la meteorización de gneises de biotita, gneises granitoides, migmatitas y rocas basálticas que ocurren en el área. La alta salinidad y alcalinidad de la mayoría de las muestras analizadas hacen que el agua no sea adecuada para el riego en el área de estudio.