Las actividades humanas tienen un impacto considerable en los sistemas hidrográficos y la fauna íctica. La presente revisión sobre la genética de la conservación de peces neotropicales de agua dulce revela que los análisis de ADN han promovido un mayor conocimiento sobre la estructura genética de las especies de peces y su respuesta a los cambios ambientales. Este conocimiento es fundamental para la gestión de las poblaciones de peces silvestres y el establecimiento de Unidades Evolutivas Significativas capaces de conservar la integridad genética. Si bien la estructuración poblacional puede ocurrir incluso en peces migratorios de larga distancia, las poblaciones aisladas pueden mostrar una variación genética reducida y correr un mayor riesgo de extinción. La filogeografía y la filogenia han sido herramientas poderosas para comprender la evolución de las poblaciones, especies y comunidades de peces en distintos entornos neotrópicos. Los peces en cautiverio pueden utilizarse para introducir nuevos individuos y genes en la naturaleza, y sus beneficios y desventajas pueden monitorearse mediante análisis genéticos. Comprender cómo se genera y mantiene la biodiversidad de peces en aguas dulces neotropicales es fundamental, ya que estos hábitats se ven transformados por el desarrollo humano y las comunidades de peces se explotan cada vez más como fuentes de alimento para sustentar a una población humana en crecimiento.