Identificar el ligando que se une a una proteína objetivo con alta afinidad es una tarea no trivial en los enfoques asistidos por ordenador. Se han identificado fármacos antivirales para la enzima proteasa NS2B/NS3 sobre el mecanismo para escindir la proteína viral utilizando las herramientas computacionales. La consecuencia del acoplamiento molecular, los cálculos de energía libre y los protocolos de simulación exploran el mejor ligando. Proporciona una visión estructural en profundidad con la tríada catalítica de His51, Asp75, Ser135 y Gly133. La simulación MD se empleó aquí para predecir la estabilidad del complejo. Se ha realizado la mutación de la alanina y se ha controlado su estabilidad mediante la simulación de dinámica molecular. El valor mínimo de RMSD sugiere que los complejos derivados están cerca del equilibrio. El resultado de la DFT revela que la brecha HOMO-LUMO del ligando19 es de 2,86 kcal/mol. Entre los ligandos considerados, el Ligando19 muestra la brecha más baja y se sugiere que el HOMO del Ligando19 puede transferir los electrones al LUMO en las regiones activas. La energía de unión calculada del ligando 19 mediante el método DFT concuerda con los estudios de acoplamiento. La actividad farmacológica del ligando se realizó y satisface la regla de Lipinski de 5. Además, los resultados computacionales se comparan con los valores IC50 disponibles de los resultados experimentales.