Genómica poblacional de los domesticados revela un reciente cuello de botella y bajo flujo génico con parientes silvestres
Autores: Aguirre-Dugua, Xitlali; Barrera-Redondo, Josué; Gasca-Pineda, Jaime; Vázquez-Lobo, Alejandra; López-Camacho, Andrea; Sánchez-de la Vega, Guillermo; Castellanos-Morales, Gabriela; Scheinvar, Enrique; Aguirre-Planter, Erika; Lira-Saade, Rafael; Eguiarte, Luis E.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Calabaza
México
Diversidad genética
Flujo de genes
Endogamia
Linaje
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
es una calabaza cultivada desde México hasta Bolivia. Su ancestro es desconocido, pero tiene una compatibilidad limitada con xerófitas silvestres de las tierras altas de México. Montamos el genoma de referencia y evaluamos la diversidad genética y la demografía histórica del cultivo en México con 2524 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) nucleares. También evaluamos el flujo génico entre y taxones xerófitos con 6292 SNPs nucleares y 440 SNPs del plastoma de 142 individuos muestreados en 58 sitios a lo largo de su área de simpatría. La modelización demográfica de apoya una disminución de ocho veces en el tamaño efectivo de la población hace aproximadamente 2409 generaciones (IC del 95% = 464-12,393), mientras que los SNPs del plastoma apoyan la expansión de linajes maternos alrededor de 1906-3635 años atrás. Nuestros resultados sugieren una reciente expansión de en México, con alta diversidad genética ( = 0.225, = 0.074) y endogamia ( = 0.233). Los modelos coalescentes sugieren tasas bajas de flujo génico con y , mientras que las pruebas ABBA-BABA no detectaron flujo génico significativo con taxones silvestres. A pesar de la proximidad ecogeográfica de y sus parientes, este cultivo persiste como una línea altamente aislada de origen desconcertante.
Descripción
es una calabaza cultivada desde México hasta Bolivia. Su ancestro es desconocido, pero tiene una compatibilidad limitada con xerófitas silvestres de las tierras altas de México. Montamos el genoma de referencia y evaluamos la diversidad genética y la demografía histórica del cultivo en México con 2524 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) nucleares. También evaluamos el flujo génico entre y taxones xerófitos con 6292 SNPs nucleares y 440 SNPs del plastoma de 142 individuos muestreados en 58 sitios a lo largo de su área de simpatría. La modelización demográfica de apoya una disminución de ocho veces en el tamaño efectivo de la población hace aproximadamente 2409 generaciones (IC del 95% = 464-12,393), mientras que los SNPs del plastoma apoyan la expansión de linajes maternos alrededor de 1906-3635 años atrás. Nuestros resultados sugieren una reciente expansión de en México, con alta diversidad genética ( = 0.225, = 0.074) y endogamia ( = 0.233). Los modelos coalescentes sugieren tasas bajas de flujo génico con y , mientras que las pruebas ABBA-BABA no detectaron flujo génico significativo con taxones silvestres. A pesar de la proximidad ecogeográfica de y sus parientes, este cultivo persiste como una línea altamente aislada de origen desconcertante.