Se encontró que los cultivos de cobertura (CC) mejoran la salud del suelo al aumentar la diversidad de plantas y la cobertura del suelo. También pueden mejorar el suministro de agua para los cultivos comerciales al reducir la evaporación y aumentar la capacidad de almacenamiento de agua en el suelo. Sin embargo, su influencia en las comunidades microbianas asociadas a las plantas, incluidos los hongos micorrízicos arbusculares simbioticos (AMF), se comprende menos. En un ensayo en un campo de maíz, estudiamos la respuesta de los AMF a un CC invernal de cuatro especies, en comparación con un control sin CC, así como a dos niveles de suministro de agua contrastantes (es decir, sequía e irrigado). Medimos la colonización de AMF en las raíces de maíz y utilizamos la secuenciación Illumina MiSeq para estudiar la composición y diversidad de las comunidades de AMF en el suelo a dos profundidades (es decir, 0-10 y 10-20 cm). En este ensayo, la colonización de AMF fue alta (61-97%), y las comunidades de AMF en el suelo estaban representadas por 249 variantes de secuencia de amplicón (ASVs) pertenecientes a 5 géneros y 33 taxones virtuales. , seguido de y (clase Glomeromycetes), fueron los géneros dominantes. Nuestros resultados mostraron efectos interactivos entre los tratamientos de CC y los niveles de suministro de agua para la mayoría de las variables medidas. El porcentaje de colonización de AMF, arbusculos y vesículas tendió a ser menor en los sitios irrigados que en los de sequía, con diferencias significativas detectadas solo bajo el tratamiento sin CC. De manera similar, la composición filogenética de AMF en el suelo se vio afectada por el suministro de agua solo en el tratamiento sin CC. Los cambios en la abundancia de taxones virtuales individuales también mostraron fuertes efectos interactivos entre los CC, la irrigación y, a veces, la profundidad del suelo, aunque los efectos de los CC fueron más claros que los efectos de la irrigación. Una excepción a estas interacciones fue la equidad de AMF en el suelo, que fue mayor en CC que en sin CC, y mayor en condiciones de sequía que en irrigación. La riqueza de AMF en el suelo no se vio afectada por los tratamientos aplicados. Nuestros resultados sugieren que los CC pueden afectar la estructura de las comunidades de AMF en el suelo y modular su respuesta a los niveles de disponibilidad de agua, aunque la heterogeneidad del suelo podría influir en el resultado final.