El género, con sus intrincados elementos florales, pronunciada endemicidad y distribución irregular, evoluciona una rica diversidad de formas morfológicas y una amplia variedad de especies, mientras causa una indistinción en la clasificación de sus especies. Para elucidar las relaciones filogenéticas entre especies y mejorar su clasificación taxonómica mediante el código de barras de ADN, este estudio realizó amplificación y resultados de secuenciación de genes nucleares (ITS) y de cloroplasto, con análisis de diversidad genética fenotípica, análisis de distancia genética y análisis filogenético de 48 muestras de especies. La comparación de las variaciones de distancia genética mostró que, ITS +, e ITS + + exhiben una superposición mínima y una variación genética significativa dentro de las especies. El análisis filogenético indicó que la combinación, ITS + +, tiene la tasa de identificación más alta. Notablemente, tanto el análisis filogenético como el análisis de diversidad genética de rasgos fenotípicos indicaron consistentemente una clara divergencia entre las orquídeas epífitas y terrestres, con las orquídeas epífitas formando un clado distinto. Esto proporciona evidencia de referencia para estudiar las adaptaciones ecológicas y las diferencias evolutivas entre las orquídeas epífitas y terrestres, así como una base científica para la clasificación e identificación, conservación de germoplasma, utilización de recursos y evolución filogenética de las orquídeas.