Las plantas de mielberry (L., familia Caprifoliaceae), que producen pequeñas bayas altamente nutritivas, han sido recientemente objeto de un brote de pudrición de raíces, lo que ha resultado en una drástica disminución en el rendimiento de la fruta. En este estudio, aislamos la comunidad fúngica de las raíces de plantas enfermas y analizamos los mecanismos de interacción entre hongos clave y plantas de mielberry. Se identificaron nueve morfotipos fúngicos a través de la observación de cultivos y el análisis de secuencias del gen del espaciador transcrito interno. Los ensayos de patogenicidad mostraron que la infección con aislados del género reprodujo los síntomas típicos de la pudrición de raíces y causó la inhibición más severa del crecimiento de raíces. El análisis transcriptómico de plantas infectadas y el análisis de rutas de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto revelaron que la biosíntesis de metabolitos secundarios estaba enriquecida en las raíces de plantas de mielberry infectadas. Este estudio aclara que cuando el mielberry se ve afectado por la enfermedad de pudrición de raíces, produce metabolitos secundarios para defenderse contra la invasión patógena, proporcionando una base teórica y objetivos moleculares para la gestión ecológica de esta enfermedad.