Para obtener información sobre los roles de los PGPR beneficiosos en el control de enfermedades transmitidas por el suelo, adoptamos un enfoque de metabolómica para investigar los impactos beneficiosos de NSY50 en las raíces de plántulas de pepino bajo el patógeno de f. sp. (FOC). Encontramos que el pretratamiento con NSY50 (NSY50 + FOC) redujo claramente la producción de especies reactivas de oxígeno (ROS). El análisis metabolómico no dirigido reveló que 106 metabolitos respondieron a la inoculación con NSY50 y/o FOC. Bajo el estrés de FOC, los contenidos de sustancias de ajuste osmótico en las raíces, como la prolina y la betaína, aumentaron significativamente, y el ácido dehidroascórbico y el glutatión oxidado (GSH) se acumularon considerablemente. Además, los contenidos de aminoácidos libres como el triptófano, la fenilalanina y el ácido glutámico también se acumularon significativamente bajo el estrés de FOC. De manera similar, el estrés de FOC afectó negativamente la glucólisis y los ciclos del ácido tricarboxílico y se transfirió a la vía de los fosfatos de pentosa. Por el contrario, NSY50 + FOC promovió mejor la acumulación de ácido alfa-cetoglutárico, ribulosa-5-fosfato y 7-fosfato de heptanona en comparación con FOC solo. Además, NSY50 + FOC activó el metabolismo de GSH y aumentó la síntesis de GSH y la actividad enzimática relacionada con el metabolismo y las expresiones génicas que los codifican, lo que puede haber mejorado la homeostasis redox, el flujo de energía y la capacidad de defensa. Nuestros resultados proporcionan una nueva perspectiva para entender la función de NSY50, acelerando la aplicación de este PGPR beneficioso en prácticas agrícolas sostenibles.