El tamaño de las presas es un factor importante en el consumo de alimentos. En estudios de ecología alimentaria, las presas suelen medirse individualmente con calibradores o micrómetros oculares. Entre los anfibios y reptiles, existen especies que se alimentan de grandes cantidades de presas pequeñas (p. ej., hormigas y termitas). Este elevado consumo dificulta la estimación del tamaño de las presas que consumen estos animales. Para abordar este problema, desarrollamos y evaluamos un procedimiento para tomar submuestras del contenido estomacal de estos depredadores con el fin de estimar el tamaño de las presas. En concreto, desarrollamos un protocolo basado en un procedimiento bootstrap para obtener una submuestra con un error de precisión máximo del 5 %, con un nivel de confianza mínimo del 95 %. Esta guía debería reducir el esfuerzo de muestreo y facilitar futuros estudios sobre los hábitos alimentarios de anfibios y reptiles, además de proporcionar un medio para obtener estimaciones precisas del tamaño de las presas.